इंदिरा गांधी आपल्या कह्यात राहतील हा कामराज यांचा अंदाज मात्र धुळीस मिळाला. पंतप्रधानपद हस्तगत होताच केंद्रीय मंत्रिमंडळाचा त्यांनी जो संच बनविला त्यामुळे कामराज अस्वस्थ बनले. नव्या रक्ताला प्रवेश देण्याच्या बहाण्यानं पूर्वीच्या काही मंत्र्यांना त्यांनी बाहेरचा रस्ता दाखवला. पुढच्या काळातही इंदिराजींनी केलेल्या काही महत्त्वाच्या निर्णयामुळे कामराज-इंदिरा मतभेदाची दरी रुंदावतच राहिली. पंतप्रधानपदाच्या निवडणुकीत यशवंतरावांनी महत्त्वाची भूमिका बजावलेली असली तरी त्यांच्या बाबतीतही त्यानंतर एक वेगळीच खेळी केली.

संरक्षणमंत्रीपदाच्या वेळी जे नाटक घडले त्याचीच पुनरावृत्ती दिल्लीकरांनी केली. पंतप्रधानपदाच्या निवडणुकीतून मोकळं होताच यशवंतरावांनी संरक्षण-मंत्रालयाच्या दैनंदिन कामास वाहून घेतलं. कोचीनला नाविकदलाची प्रात्यक्षिक पहाण्यासाठी त्यांना जायचं होतं. त्या मार्गावर मुंबईत त्यांचा एक दिवस मुक्काम ठरला. मुंबईत आले त्याच रात्री प्रकृती अचानक गंभीर बनली. तज्ज्ञ डॉक्टरांनी तातडीनं शस्त्रक्रियेचा निर्णय केला. अल्सरचा प्रादुर्भाव झाल्यामुळे पोटावर शस्त्रक्रिया करण्यात आली. मुंबईत विश्रांती घ्यावी लागली. त्यांच्या या विश्रांतीच्या काळातच दिल्लीतून फोनवरून संदेश मिळाला की, गृहमंत्रिपदाची जबाबदारी स्वीकारावी असा पंतप्रधानांचा मानस आहे. संरक्षणमंत्रीपद स्वीकारण्याचा संदेश पूर्वी असाच फोनवरून मिळाला होता. या दोन्ही घटनांमधील साम्य मोठं विलक्षण आहे. संरक्षणमंत्रीपद स्वीकारावं अशी पं. नेहरूंची इच्छा असूनही, त्यावेळी टी. टी. कृष्णाम्माचारी आणि बिजू पटनाईक यांनी त्यात खो घालण्याचा प्रयत्न केला. आता त्यांची कन्या इंदिराजी यांचा मानस असतानाही स. का. पाटील यांनी हे घडण्यास कट्टर विरोध केला.

गृहमंत्रीपदावर त्यावेळी गुलझारीलाल नंदा होते. दिल्लीत गोवधबंदीचं निमित्त करून हजारो साधूंनी ७ नोव्हेंबर १९६६ ला लोकसभा-भवनासमोर उग्र निदर्शनं केली. दिल्लीचं जीवन उद्ध्वस्त करून सोडलं. नंदा यांना परिस्थिती निटपणे हाताळता आली नाही त्यामुळं दिल्लीत काहूर उठलं. संसदीय काँग्रेस पक्षाच्या बैठकीत तर नंदांच्या हकालपट्टीची मागणी करण्यात आली. या बैठकीला इंदिरा गांधी उपस्थित होत्या. परंतु त्यांनी नंदांची बाजू उचलून धरली नाही. समर्थनही केलं नाही. पंतप्रधानांनी मौन पाळल्यानं नंदा संतापले आणि त्यांनी गृहमंत्रीपदाचा राजीनामा सादर केला. पंतप्रधानांनीही तो ताबडतोब स्वीकारला. नंदांना मुक्त केलं.
 
इंदिरा गांधी, गृहमंत्रीपद यशवंतरावांना देणार असतील तर स. का. पाटील मंत्रिपदाचा राजीनामा देणार असल्याच्या वावड्या उठल्या. ते रेल्वेमंत्री होते. स. का. पाटील मोठी समस्या निर्माण करतील असं वातावरणही निर्माण करण्यात आलं. उलटसुलट चर्चा सुरू असतानाच त्यावेळी पंतप्रधानांनी गृहमंत्रीपदासाठी यशवंतरावांची निवड निश्चित केली. नंदा यांच्या राजीनाम्यानंतर हे खातं पंतप्रधानांनी स्वत:कडं घेतलं होतं. पूर्वी संरक्षण खातं पं. नेहरूंच्या अखत्यारीत असताना त्यांनी ते चव्हाणांकडे देऊ केलं होतं. आता पंतप्रधानांकडील खातं त्यांनी तसंच चव्हाणांकडं दिलं. आणीबाणीचा क्षण निर्माण झाला आणि पोलादी मनगटानं परिस्थितीशी सामना करण्याची वेळ आली की चव्हाणांकडं कामाची जबाबदारी सोपवायची असा जणू पायंडाच पडला.