देशभक्तीशिवाय आपली कुठली अन्य पात्रता नाही असं त्यांनी पं. नेहरूंना सांगितलं असलं तरी भारताचे समर्थ संरक्षणमंत्री अशी आपली प्रतिमा त्यांनी खात्याचा कारभार करताना निर्माण करून ठेवली. १९६५च्या भारत-पाकिस्तान युद्धाच्या निकालानं तर प्रतिमा अधिक उजळ बनली. त्यांना अमाप लोकप्रियता लाभली. संरक्षणमंत्रीपदाचा त्यांचा कार्यकाळ १९६६च्या नोव्हेंबरपर्यंत झाला तेव्हा त्यांच्या राष्ट्रीय व्यक्तिमत्त्वात मोलाची भर पडली.
संरक्षण विभागाची सूत्रे स्वीकारल्यावर यशवंतरावांनी 'साऊथ ब्लॉक' येथील कार्यालयात ठाण मांडले आणि कामास प्रारंभ केला. संरक्षण खात्याची कार्यपद्धती माहिती करून घेणे आवश्यक होते. यासाठी संरक्षण विभागाचे सैन्यदल, हवाईदल आणि नाविकदल या तीनही दलाच्या प्रमुखांना विश्वासात घेऊन आणि विश्वास देऊन त्यांनी चर्चेस प्रारंभ केला. दररोज सकाळी ९ वाजता मंत्र्याच्या मुख्य कार्यालयात एकत्रित बैठक आणि चर्चा करण्याचा उपक्रम सुरू केला. मंत्रालयाच्या प्रशासनाचे विविध विभाग प्रमुख, संरक्षण उत्पादन विभागाचे प्रमुख यांच्या क्रमश:बैठकी घेऊन विश्वासदर्शक असे वातावरण निर्माण केले. संरक्षण सिद्धतेसाठी तीनही दल प्रमुखांना योजना तयार करण्यास सुचविले. ज्या योजना रखडल्या आहेत त्यातील अडचणी, शासकीय आदेशाच्या उणिवा, आर्थिक तरतुदी आणि अंमलबजावणीतील विलंब असा कामाचा आढावा घेतला आणि क्रमाक्रमाने खात्यावर कब्जा निर्माण केला. तिन्ही प्रमुखांकडून नवीन योजना सादर झाल्या, तेव्हा पंतप्रधान आणि लोकसभेला निवेदन करून खर्चासाठी त्यांनी अंदाजपत्रात काही हजार कोटीची तरतूद करून घेतली. कामावर कब्जा प्रस्थापित होईपर्यंत उगाच इकडे तिकडे प्रवास करण्याचे टाळले.
सरहद्दीवर लष्करी जवानांचे तळ जेथे असतात तेथे परिस्थिती पाहून जवानांच्या अडचणी, उणिवा आणि त्यांची मनस्थिती जाणून घेण्याचा उपक्रम त्यांनी दुसऱ्या टप्प्यात सुरू केला. लष्करी तळावरील जवानांमध्ये मिळून-मिसळून त्यांच्याशी संवाद केला. जवानांमध्ये आत्मविश्वास निर्माण होण्याचे त्यातून साध्य झाले. देशाच्या पूर्व भागात चीनचे आक्रमण झालेले होते. या आक्रमणामुळे निर्माण झालेल्या परिस्थितीमुळे संरक्षण खात्याचा कारभार त्यांना स्वीकारावा लागला. कार्यालयीन कामाचा वकूब आल्यानंतर नोव्हेंबर १९६३ला त्यांनी प्रथम पूर्व भागाचा पाहणी दौरा केला. या दौऱ्यात त्यांनी जोरहाट, तेजपूर भागाला भेट दिली. दौऱ्यावर असताना पत्रलेखनाचा त्यांचा परिपाठ होता.